某日，一群使用風遁之術的空忍空襲火之國，無數民眾和忍者遇害，形勢危急。據綱手大人所言，這群不速之客正是在第二次忍者大戰(zhàn)中落敗的空之團，如今他們懷著復仇之心再次出現(xiàn)。卡卡西（井上和彥 配音）等人則負責偵查空之團的老巢，鳴人（竹內順子 配音）、小櫻（中村千繪 配音）、雛田（水樹奈々 配音）受命組成三人醫(yī)療小隊，協(xié)助名醫(yī)神農（石塚運昇 配音）前往其徒弟雨琉的家鄉(xiāng)醫(yī)治傷者。另一方面，病入膏肓的大蛇丸得知神農的再生之術業(yè)已完成，他命佐助（杉山紀彰 配音）前去尋找神農。這也促成佐助和昔日伙伴宿命的重逢…… 本片為《火影忍者》第五部劇場版動畫。
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